Fonctions occupées
Assistant à Firth Park Grammar School (Sheffield), 1953-1954
Lecteur à l'Université de Sheffield, de 1955 à 1957
Professeur de lycée et d'Ecole Normale (Foix), de 1959 à 1974
Directeur des antiquités préhistoriques de Midi-Pyrénées, de 1971 à 1991 (indemnitaire de 1971 à 1974 ; détaché au Ministère de la Culture de 1975 à 1990 ; intégré au Ministère de la Culture de 1990 à 1999)
Chargé de mission d'inspection générale de l'archéologie (1991)
Conseiller scientifique à la sous-direction de l'archéologie, de 1992 à 1999
Présentement retraité de la fonction publique.
Directeur de aollection (« Arts Rupestres ») aux Editions du Seuil (depuis 1995)
Directeur de collection (“Histoire de la France préhistorique”) aux éditions La maison des roches (1997-2005)
Responsable éditorial de : International Newsletter on Rock Art (INORA) - Lettre internationale d'informations sur l'art rupestre - revue bilingue français-anglais.
Expert international auprès de l'ICOMOS et de l'UNESCO.

Commissions et Présidences
Membre du Conseil Supérieur de la Recherche Archéologique (de 1979 à 1995) et de sa délégation permanente (1985-1995)
Membre de la Commission Supérieure des Monuments Historiques, section grottes ornées (de création en 1979 à 2002)
Président de la Société Préhistorique Française (1980)
Président du XXIe Congrès Préhistorique de France (1979)
Président de la Société Préhistorique Ariège-Pyrénées (de 1982 à 2000)
Président de la Commission Scientifique et Technique de la grotte Cosquer
Président de la Commission Scientifique de la grotte de Niaux
Président du Comité International d'Art Rupestre (ICOMOS) de 1991 à 1999
Président d'Honneur de la Société Préhistorique Française (depuis 1993)
Président d'Honneur de la Société des Études du Lot (depuis 1998)
Président de la commission Art Rupestre de l'Union internationale des Sciences préhistoriques et protohistoriques (UISPP) (depuis 2006)
Président de l'International Federation of Rock Art Organizations (IFRAO) (à partir de 2006) Membre de l'Académie de Recherche concertée sur l'Homme et son Environnement physique et culturel
Membre de l'Académie des Sciences, Lettres et Arts de l'Ardèche
Membre Correspondant de l'Académie de Montauban
Fellow de la Society of Antiquaries of London (Hon.)
Membre du Advisory Board du Cultural Communications Systems Institute (CCSI)
Trustee de la Bradshaw Foundation
Honorary Trustee du Trust for African Rock Art (TARA)
Membre de la Real Academia San Jorge de Barcelona (Espagne)
Membre de l'Istituto Italiano di Preistoria e Protostoria (Italie)
Research Fellow du Ningxia Rock Art Research Institute (Chine)
Membre du Comité Scientifique International de l'International Summer School on European Prehistory (Sardaigne, Italie)
Membre de la World Rock Art Academy (Macédoine)
Président du Symposium sur « Lascaux et la conservation de l'art préhistorique » (2009)

Distinctions
Médaille d'honneur de la jeunesse et des sports (1963)
Chevalier dans l'Ordre des Arts et des Lettres (1973)
Officier dans l'Ordre National du Mérite (1991)
Chevalier dans l'Ordre de la Légion d'Honneur (2000)
Commandeur dans l'Ordre des Palmes Académiques (2007)

Enseignement universitaire, organisation de réunions scientifiques, participation à des comités de lecture
Chargé de cours sur l'art paléolithique à l'Université de Toulouse-le-Mirail, de 1990 à 1993 Visiting
Professor à l'Université de Berkeley (États-Unis) en 1991
Chargé de cours à l'Université de Neuchâtel (Suisse) en 2005/2006
Chargé de cours à l'Université de Girona (Espagne), en 2006
Organisateur du Congrès Préhistorique de France (1979)
Organisateur du Colloque International sur l'Art mobilier paléolithique (1987)
Co-organisateur du Colloque International pour le Cinquantenaire de Lascaux (1990)
Co-organisateur de la Table-Ronde franco-espagnole sur La protection et la conservation de l'art rupestre paléolithique (1991)
Co-organisateur du Symposium international de Tarascon-sur-Ariège (août 2004) Actuellement, membre des Comités de lecture des revues scientifiques suivantes : Bulletin de la Société Préhistorique Ariège-Pyrénées ; Bulletin de la Société Préhistorique Française ; Bulletin du Musée d'Anthropologie Préhistorique de Monaco ; Paléo ; Antiquity ; Trabajos de Prehistoria (Madrid) ; The Dolni Vestonice Studies.

Travaux de terrain
Direction de fouilles
Une douzaine de dolmens dans le Lot ; grottes des Eglises (Ussat) et d'Enlène (Montesquieu-Avantès) dans l'Ariège ; grotte du Placard (Vilhonneur), en Charente ; abri du Cuzoul (Vers), dans le Lot.
Relevés d'art rupestre
Grottes de Niaux ; Réseau Clastres ; Enlène ; Le Tuc d'Audoubert (Ariège) ; Le Travers de Janoye (Tarn) ; Mayrière supérieure (Tarn-et-Garonne) ; Grotte Cosquer (Bouches-du-Rhône) ; Grotte Chauvet, à Vallon-Pont-d'Arc (Ardèche).

Divers
En 2006, legs de ses diapositives, archives et bibliothèque scientifique au Département de l'Ariège (Centre de Documentation du Parc de la Préhistoire)
En Mars 2006, baptisé Touareg, dans l'Aïr (Niger), sous le nom d'Almawekil.
En 2011, participe au film sur la grotte Chauvet, La grotte des rêves perdus.

Publications scientifiques parues
24 ouvrages, plusieurs brochures, plus de 400 articles.

Livres
Le Lot Préhistorique (1969) ;
Inventaire des Mégalithes de la France : Lot (1977) ;
La Préhistoire au Musée de Cahors (1979), avec M. Carrière ;
Inventaire des Mégalithes de la France : Aveyron-Ouest (1983), avec Cl. Maurand ;
L'Art des Objets au Paléolithique (1990, 2 vols.), dir. ; The Limitations of Archaeological Knowledge (1992), dir. avec T. Shay ;
La grotte Cosquer (1994), avec J. Courtin (également publié en anglais et en allemand) ;
Les Cavernes de Niaux, Art magdalénien de l'Ariège (1995) (également publié en allemand) ;
Les chamanes de la Préhistoire , Transe et Magie dans les grottes ornées (1996), avec D. Lewis-Williams (également publié en allemand et en anglais) ;
Pyrénées Préhistoriques, arts et sociétés (1996), dir. avec H. Delporte ;
Voyage en Préhistoire : L'art des cavernes et des abris, de la découverte à l'interprétation (1998) ;
La plus belle Histoire de l'Homme (1998), avec A. Langaney, J. Guilaine et D. Simonnet (également publié en allemand, arabe, chinois, espagnol, catalan, italien, polonais, portugais, turc) ;
La vie et l'art des Magdaléniens en Ariège (1999) ;
Grandes girafes et fourmis vertes : petites histoires de Préhistoire (2000) ;
Le Musée des Roches : l'art rupestre dans le monde (2000) ;
Les Chamanes de la Préhistoire, texte intégral. Après les Chamanes : polémique et réponses (2001), avec D. Lewis-Williams ;
La Grotte Chauvet. L'Art des Origines (dir.) (2001) ;
La Préhistoire expliquée à mes petits-enfants (2002) ; World Rock Art (2002) ;
Passion Préhistoire (2003) ;
La Grotte de La Vache (Ariège), dir., avec H. Delporte (2003) ;
Cosquer redécouvert, avec J. Courtin et L. Vanrell (2005) ;
Les félins de la grotte Chauvet (2005), avec M. Azéma ;
L'art des cavernes préhistoriques (2008) (publié en anglais, Cave Art ).
La France préhistorique ouvrage collectif (septembre 2010) Gallimard
Les cavernes de Niaux - Art préhistorique en Ariège-Pyrénées (septembre 2010) Errances
Pourquoi l'art préhistorique ? (2011) Folio
Jean Clottes un archéologue dans le siècle - Entretiens avec Pascal Semonsut (2015) errance
Une vie d'art préhistorique (2015) Jérôme Millon


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