Des rétrovirus communs dans l'ADN de Néandertal, des Denisoviens et sapiens ?
Des chercheurs ont comparé l'ADN de Néandertal, de l'homme de Denisova, et d'hommes modernes atteints de cancer. Les conclusions pourraient, dans le futur, faire avancer la recherche sur le cancer et le virus du sida.

En 2010, des chercheurs ont dévoilé les génomes de deux groupes humains éteints : les Néandertaliens et les Hommes de Denisova. Cette étude a révélé que certains humains partagent quelques pourcents de leur ADN avec leurs cousins éteints. Depuis, les généticiens se sont penchés sur les séquences d'ADN ancien pour avoir une vision plus précise de l'humanité au Paléolithique.

Une première étude ne trouve pas de correspondance entre les rétrovirus endogènes anciens et ceux de l'homme moderne
En 2012, une équipe de scientifiques sous la direction de Jack Lenz (Albert Einstein Collège de Médicine, New York) a commencé à chercher des signes de rétrovirus endogènes dans les génomes anciens. Une classe de virus qui, non seulement envahit les cellules, mais s'insinue dans l'ADN. Ces séquences de gènes rétroviraux représentent environ 8% du génome humain, et font partie de ce qu'on appelle parfois de l'ADN « poubelle », c'est-à-dire de l'ADN non-codant, car ils ne contiennent pas d'instructions génétiques pour fabriquer des protéines. Ou du moins la génétique n'a pas encore compris à quoi ils servent !
L'équipe de Lenz a trouvé 14 séquences de gènes rétroviraux dans l'ADN de Néandertal et de l'homme de Denisova. Quand elle a comparé ces séquences au génome humain utilisé comme norme de référence, elle a constaté qu'aucune des séquences ne correspondaient. En d'autres termes, il semblait que l'homme moderne ne partagait pas cet ADN rétroviral endogène avec ses cousins éteints.

Une deuxième étude en 2013 contredit la première
En 2012 une autre équipe dirigée par Robert Belshaw (Université de Plymouth, Royaume-Uni), et Magiorkinis Gkikas (Université d'Oxford), qui tentaient de vérifier par ailleurs si ces séquences d'ADN viral étaient un facteur contributif de certaines maladies, a décidé de reprendre le principe de l'étude, mais avec d'autres échantillons. En particulier, ils n'ont pas utilisé le génome humain comme norme de référence.
Ils ont pu étudier les génomes de 67 individus atteints de cancer. L'équipe a constaté que ces génomes actuels présentaient 6 des séquences prétendument uniques des hommes anciens (Néandertal et Denisova). De plus, Belshaw pense que 14 séquences pourraient également correspondre, mais cette autre vérification prendra plus de temps.
Cette découverte suggère que ces virus ont probablement infecté nos ancêtres avant la séparation des différentes lignées d'hominidés.

Pourquoi l'équipe de Lenz a pu "rater" les séquences rétrovirales communes ?
L'équipe de Belshaw et Gkikas a expliqué que, si la première étude n'avait pas trouvé les séquences communes, c'est qu'elle était basée sur le « génome humain de référence ». Ce génome est constitué de plusieurs séquences correspondant à plusieurs individus. Une position donnée de ce génome appartient à une seule personne. Cette référence n'est donc pas une moyenne mais un conglomérat de plusieurs génomes. Chaque être humain étant différent, la première équipe n'avait pas eu la chance (ou la malchance...) de trouver des correspondances.

Pour Gkikas "Les résultats montrent que nous pouvons trouver des hommes modernes qui partagent des séquences d'ADN non codantes avec l'homme de Denisova ou les Néandertaliens, mais pas avec d'autres êtres humains vivant aujourd'hui».

« Cela montre combien il est vital de savoir si une personne a ou n'a pas une certaine séquence plutôt que de supposer qu'elle est présente » explique Jonathan Stoye (Institut national de la MRC pour la recherche médicale, Londres) en faisant référence au génome humain de référence. Il rajoute "Ces données correctement analysées seront nécessaires pour établir s'il existe un lien réel entre les rétrovirus endogènes et les maladies comme le cancer ou le sida».

C.R.

Photo : Joe Dunckley

Sources
NewScientist
ScienceDaily

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